達人直伝　マイクロバイオーム研究実践プロトコール

序【服部正平】

1章　マイクロバイオーム研究をはじめる前に考えること

1　ヒトマイクロバイオーム研究の全体像【服部正平】

2　データベースの意義とその整備【黒川　顕】

3　細菌の分類と命名【坂本光央】

2章　腸内微生物叢のマイクロバイオームデータの生産

1　微生物叢DNAの抽出技術の開発状況および酵素法プロトコール【服部正平，小宮恵子】

2　腸内細菌叢DNAの抽出技術（ビーズ法プロトコール）およびライブラリ調製【関口勇地】

3　腸内細菌叢を対象とした16S rRNA遺伝子のアンプリコンとメタゲノムの情報解析【森　宙史】

4　腸内常在性ファージの解析・宿主細菌との相互作用【藤本康介，植松　智】

5　腸内環境の代謝オミクス分析・解析【舟橋和毅，池田和貴】

6　腸内真菌叢のマイクロバイオーム解析【秋山慎太郎，西嶋　傑，永田尚義】

3章　その他の微生物叢のマイクロバイオームデータの生産

1　皮膚細菌叢のマイクロバイオーム解析【松岡悠美】

2　唾液微生物叢のショットガンメタゲノム解析【矢原耕史】

3　ロングリードを用いたヒトマイクロバイオームの染色体外エレメントの解析【木口悠也，鈴木　穣】

4　古代サンプルのマイクロバイオーム解析【澤藤りかい】

4章　細菌株の性質の解析

1　菌株単離・培養と選定・釣菌，保存【成島聖子，坂本光央】

5章　マイクロバイオームデータの関連解析

1　ヒト遺伝子一塩基多型（SNP）とマイクロバイオームの関連解析【北岡寛己，友藤嘉彦，岡田随象】

2　環境因子（食事，生活習慣，薬剤）や疾患とヒトマイクロバイオームの関連解析【西嶋　傑，永田尚義】

達人への一歩

①定期的な精度管理を，その1【関口勇地】

②定期的な精度管理を，その2【関口勇地】

③定期的な精度管理を，その3【関口勇地】

④ウイルス（ファージ）叢の構成比について【藤本康介，植松　智】

⑤メタゲノムデータのなかから真核生物由来のDNAを検出する手法【西嶋　傑】

⑥古代DNA解析への道のり【澤藤りかい】