特集
DNAメチル化・ヒストン解析による疾患解明の新戦略
エピジェネティクスの最新テクノロジー
企画／牛島俊和（国立がんセンター研究所発がん研究部）

・＜概論＞重要性が増すエピジェネティクスと進化する解析技術
　　牛島俊和

エピジェネティック解析の重要性が増している．ゲノム網羅的な解析により，発生・分化に伴うエピジェネティック変化や，癌・神経・免疫・循環器等各種の疾患での変化が次々と明らかにされている．幹細胞に特徴的なエピジェネティックパターンが見出され，癌では実際に診断に役立つエピジェネティックな変化も同定されている．一方，臨床応用目的の解析では，解析遺伝子数は少なくても，高精度・高感度・安価に解析することが必要であり，適した検出方法の開発も始まっている．

・個別遺伝子のDNAメチル化解析の原理と実際 〜Real-time MSP法を中心として
　　丹羽　透，渡邉直子，山下　聡

個別の遺伝子についてDNAメチル化を解析する方法として，メチル化感受性の制限酵素を用いる方法とbisulfite処理を用いる方法とがある．汎用される後者には，bisulfite sequencing法，COBRA法，MSP法などがあり，それぞれに特徴をもつ．今後，検体中の微量のDNAメチル化を定量することが重要になると考えられ，本稿ではそのためのreal-time MSP法についても詳説する．

・アレイを必要としないゲノム網羅的DNAメチル化解析法
　　金田篤志

既知癌抑制遺伝子のメチル化を同定するのではなく，未知のメチル化異常領域を新規に同定する手法が1993年に初見えし，多くは1997年以降に開発・発表されてきた．本稿では，そのうちアレイを必要としない解析手法についてその解析手段などについて紹介する．

・ゲノムアレイを用いたDNAメチル化解析法 〜MIAMI，DMH，MeDIP，MeCP2，アレイに搭載するゲノム領域
　　畑田出穂

マイクロアレイを用いたメチル化解析は何年か前から開発が行われつつあった技術であるが，最近注目を集めるようになってきたのは，以前と比べてマイクロアレイの性能が上がり価格が下がったことと，ゲノムタイリングアレイやプロモーターアレイなどメチル化解析に適した製品がAgilent社やAffymetrix社から発売されるようになったことがあげられる
本稿ではゲノムワイドなメチル化のプロファイリング方法の主なものとしてMIAMI，DMH，MeDIP，MeCP2抗体クロマチン免疫沈降法を用いた方法について紹介する．

・エピジェネティック治療による遺伝子発現変化の網羅的解析
　　斎藤義正

エピジェネティック治療による遺伝子発現の変化を網羅的に解析することは，それらの薬剤の抗癌効果を判定するうえでも非常に重要である．本稿では癌細胞におけるDNAメチル化阻害剤やヒストン脱アセチル化酵素阻害剤による遺伝子発現の変化をマイクロアレイによって網羅的に解析した研究を紹介し，エピジェネティック治療の今後の展望について概説する．

・ヒストン修飾の個別およびゲノム網羅的解析法 〜ChIP法とChIP on chip法
　　副島英伸

in vivoにおけるヒストン修飾（あるいはDNA結合タンパク質などのクロマチン構成因子）の唯一の解析法はクロマチン免疫沈降法（Chromatin Immunoprecipitation：ChIP）であり，本法は個々のゲノム領域のヒストン修飾を位置特異的，時間特異的に検出できるという特徴をもつ．また，DNAマイクロアレイ（DNA chip）と組合わせたChIP on chip法は，発生段階や細胞，組織ごとに異なるエピジェネティックな修飾をゲノム網羅的に解析するエピゲノムプロジェクトには欠かせない技術である．本稿では，ChIP法およびChIP on chip法の原理と手技的な特徴の概要および将来への展望について解説する．