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型の実践❷:追跡(トラッキング)と効果的なプラグインの利用②

塚田祐基
10.18958/7427-00027-0001369-00

前回までのおさらい
前回から3回にわたり,生物画像解析のさまざまな場面で遭遇する,粒子追跡(particle tracking)の課題を取り上げる.前回は粒子追跡の作業工程(追跡対象の検出→検出点の連係→計測)を紹介し,その解析法として現在広く使われており,高機能なTrackMateというImageJプラグインの利用のしかたを解説した.今回は,さらにプラグインを高度に利用する戦略をとりつつ,問題を深く掘り下げ,粒子追跡において対象検出で使われる「分節化」に対して,機械学習であるStarDistアルゴリズムをTrackMateと合わせて使う方法を解説する.

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