バイオ画像解析 手とり足とりガイド〜バイオイメージングデータを定量して生命の形態や動態を理解する!
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バイオ画像解析 手とり足とりガイド

バイオイメージングデータを定量して生命の形態や動態を理解する!

  • 小林徹也,青木一洋/編
  • 定価 5,000円+税
  • 2014年11月発行
  • A4変型判
  • 221ページ
  • ISBN 978-4-7581-0815-7
  • 販売状況: 注文可能(在庫あり)
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代表的なソフトウェアの基本操作とともに,細胞数のカウント,シグナル強度の定量,形態による分類など,あらゆる用途に応用可能な実践テクニックをやさしく解説!イメージングデータを扱うすべての研究者,必読の1冊!

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目次

第1章 画像解析の予備知識 〜備えあれば憂いなし

1)バイオ画像解析のオーバービュー【小林徹也】
2)画像解析の前に考えるべきこと【青木一洋】
3)画像解析ソフトの環境紹介 〜ImageJ,MetaMorph,MATLAB〜【新井由之/青木一洋/小林徹也】
4)画像データの基礎知識 ~画像の種類と見せ方~【内田誠一】
5)バイオイメージと定量データのデータベース【遠里由佳子/京田耕司/大浪修一】

第2章 チャレンジ!画像解析DIY 〜自分の力でやってみよう!

基本の処理を学ぼう

1)画像解析の基礎① 〜フィルター処理〜【青木一洋】
2)画像解析の基礎② 〜マスク作成 〜【青木一洋/小林徹也】

MetaMorphを使ってみよう

3)MetaMorphによる簡単な画像解析【青木一洋】
4)MetaMorphによる画像解析プログラミング【青木一洋】

ImageJを使ってみよう

5)ImageJによる簡単な画像解析【新井由之】
6)ImageJによる画像解析プログラミング【新井由之】
  • 補足1 プログラム作成のこつ
  • 補足2 フォルダ内の画像に対する一括処理法

MATLABを使ってみよう

7)MATLABによる簡単な画像解析【小林徹也/横田 亮】
8)MATLABによる画像解析プログラミング【小林徹也/横田 亮】

ソフトウェアを組み合わせて使ってみよう

9)動く細胞の定量的動態解析【澤井 哲/福神史仁/井元大輔/中島昭彦】

第3章 画像解析フロンティア 〜最先端を知ろう!

1)3D画像解析の基礎とその周辺【小林徹也】
2)トラッキングの基礎とその周辺【内田誠一】
3)ランドマークデータからの組織変形動態の推定【森下喜弘】
4)機械学習による細胞形態の分類と推定【斉藤典子/坂本智代美/松森はるか/中尾光善/Ilya G. Goldberg】
5)画像処理統合プラットフォームVCAT5【森田正彦/西村将臣/横田秀夫】

第2章『5 ImageJ による簡単な画像解析』より抜粋

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−後略−

書評・感想
  • 最近よく「イメージング研究はいいですね,絶対嘘はつけないですからね」と言われる.「そうですね」と会釈して答えながらも,内心は「そうでもないんだけどね」とつい思ってしまう.確かにバイオイメージングのデータは何と言っても圧倒的な説得力がある.バンドが濃いや薄いやの世界からすると,注目する分子・細胞の生きた動態が「こうだ!」とズバッと出されると,これはもう,納得せざるを得ない.

    しかし,である.私自身バイオイメージングをしている研究者だからこそわかることであるが,「◯◯の結果」として出しているイメージング画像が,果たしていつもそうなのかな......と邪推してしまう.生き物を相手に実験しているバイオイメージングでは,対象をすり潰したサンプルをタンパク量を揃えてブロッティングするのとはやはり訳が違う.生体は結構バリエーションが多いものである.そういつも同じような結果が出るものではない.得られた結果が,そういった個別差を“超越”するものであるのか,判断に迷うことは少なくない.実際に実験をしている本人が,そうだと納得することは容易ではない.それらしい動画・画像だけをピックアップして見せて「こうだ」というと,聴いている人はみな一様に納得するが,これでは「Seeing is believing」というよりは,「Seeing is betraying」である.

    さて,ここで重要なのは,バイオイメージングデータをどう定量的・客観的に解析するか,である.イメージング研究は,なまじ「説得力」があり過ぎるため,こういった(地味な)努力は,意外と看過されてきた感が否めない.またイメージング画像の撮り方に関しては指南書がいくつかあるものの,得られた画像をどう解析すればよいのか,答えを引き出せる書物はこれまでほとんどなかった.そういった観点から,本著「バイオ画像解析・手とり足とりガイド」は,まさにこのバイオイメージングのデータ解析法を基礎から実践まで詳細に記述した良書であると言える.

    第1章は画像解析における一般的な知識について,tif と jpeg の違いなど本当に基本的な部分からバイオイメージデータベースまで簡潔であるが網羅的に述べられている.第2章では実際に解析を行う際の手順を様々なソフトウェアについて具体的に述べられており,フィルター処理から画像解析プログラミングの書き方まで,まさに「痒いところに手が届く」記載がなされている.第3章は少々難解であるが,応用的な画像解析について具体例を元に記載されており,発展的な解析を志す研究者にとって非常に有用な内容と思われる.

    バイオイメージングを実際に行っている wet な研究者の多く(私を含め)は,プログラミングなどの dry な知識がほとんどない.それでも本書を読むと,一度はプログラミングをしっかり勉強してもっといろいろな画像解析を行ってみたいという気持ちになる.また,画像解析の共同研究者に気軽に解析をお願いしたときに,どれほどの労力をかけてそのデータが処理され定量された結果となって戻ってきているのかも何となくわかるようになる.バイオイメージングを,単に見て感嘆する「アート」から,真に生物情報を抽出する「サイエンス」の手段として扱うようになるためにも,本書はバイオイメージングに携わる,または興味をもつ全ての研究者がぜひ一読されることを強く薦めたい.(石井 優[大阪大学大学院医学系研究科/生命機能研究科])

  • バイオイメージングデータの定量解析を行っておりますが、使えるヒントがたくさんありました。特に第2章は困った時に何度も読み返したいです。初心者から少しイメージングに慣れた人まで、様々な立場の人に推薦したい本です。(西出真也,大場雄介[北海道大学大学院医学研究科 細胞生理学分野])

  • 画像解析に必要な実践的なプログラミングが、初心者にもわかりやすく書かれていて非常に良かったです。特にMATLABでの実際のコードなどが載っているのでとても勉強になりました。(博士研究員)

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