クローズアップ実験法

2013年9月号 Vol.31 No.14 詳細ページ
Cytoscape による細胞内分子間相互作用ネットワークの解析
斎藤輪太郎，大野圭一朗
Cytoscape による 細胞内分子間相互作用ネットワークの解析 斎藤輪太郎,大野圭一朗 242 bute)を付与しそれを VizMapper(後述)を用いて視 はじめに 覚要素へのマッピングを行い可視化するというもので 近年さまざまな実験技術の進歩により生体内で起こ ある(図1) .ネットワーク生物学では多くの場合,ノー る分子間相互作用や遺伝的相互作用を網羅的に調べる ド( node)が遺伝子やタンパク質などの細胞内分子 , ことが可能になってきた.同時にこのような相互作用 エッ ジ( edge)がそれらの間 の相 互 作 用 を表 す . や ,機能的に関連性の強い分子の対 (機能的リンク ) Cytoscape では各対象をノード,対象間の関係をエッ をコンピュータで予測する手法の開発も進められてい ジとして扱い,その集合をネットワークとよぶ. る.このような分子間の相互作用の集合,すなわち分 各分子やその相互作用に関する多くの情報は属性と 子間相互作用ネットワークの解析によって生命現象を して保持されている.図1 A,B に示すように,各ノー 解明することを目的とする分野を「ネットワーク生物 ドにはノード属性(node attribute) ,エッジにはエッ 学」という.われわれの研究室で開発されたソフトウェ ジ属性(edge attribute)を付けることができる.属性 ア Cytoscape 1)は分子間相互作用ネットワーク解析を は各対象の性質を表すものである.典型的ノード属性 容易にするプラットフォームである(図1). としては遺伝子名や遺伝子の発現量,遺伝子オントロ 本稿では,Cytoscape の基本的な使い方と機能拡張 ジによる機能アノテーションなどがあり,エッジ属性 ソフト App を用いたネットワーク解析についてごく手 としては相互作用の種類(物理的相互作用か,遺伝的 短に紹介する.なお本文中で利用されたデータや紹介 相互作用かなど)や結合の強さなどがある.これらは しきれなかった情報は,すべて筆者らのウェブサイト 表形式(table)で格納されている.Cytoscape はこれ にて入手可能である. らの情報をネットワーク上に統合し(図1 C) ,可視化 2) を行う(図1 E ⑥). Cytoscape での可視化とは,VizMapper(図1 D) Cytoscape の概要 による属性から視覚的要素への対応付けである.例え Cytoscape の中核概念は,ネットワークに属性(attri- ば遺伝的相互作用を表すエッジは赤,物理的相互作用 Analyses of molecular interaction network within a cell using Cytoscape Rintaro Saito/Keiichiro Ono:Department of Medicine, University of California, San Diego(カリフォルニア大学サンディエゴ 校医学部)E-mail:risaito@ucsd.edu(斎藤)/kono@ucsd.edu(大野) 実験医学　Vol. 31　No. 14(9月号)2013 2291
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