クローズアップ実験法

2023年9月号 Vol.41 No.14 詳細ページ
RNAseqChef：遺伝子発現変動を自動的に解析するウェブツール
衛藤　貫，中尾光善
361 RNAseqChef: 遺伝子発現変動を自動的に 解析するウェブツール 衛藤 貫,中尾光善 何ができるようになった? 簡便に再現性のある RNA シークエンス(RNA-seq)解析が可能となった.プログラミング知識は 不要で,直感的に操作できる. 必要な機器・試薬・テクニックは? パソコンとインターネット環境さえあれば,パソコンのスペックを問わずに使用可能である.デー タ駆動型研究のためのウェブツールとして無償で使用できる. はじめに 可能となる. 原著論文で使用された RNA-seq のデータセットは 世界中の研究者が再利用できるように Gene Expression Omnibus(GEO)1)に集約されている.現在,数 原理 万以上のデータセットが再解析可能な状態にあり,一 DESeq2 3)をはじめとする計 85 種類の R package を 般的に利用される組織・細胞株のデータも豊富である 組合わせることで,RNA-seq 解析に求められる機能を ため,分子生物学の研究を進めるうえで有益な情報が 網羅できるように設計した.また,Shiny とよばれる 得られる可能性を秘めている.しかしながら,発現変 R package を利用してアプリケーションを実装するこ 動遺伝子(D E G)解析は煩雑で時間も要するために, とで,解析したいデータをアップロードすると,自動 短時間で再現性のあるデータ解析をするためには情報 的にサーバー上で解析・可視化されるように設計した. 科学の専門知識が求められる.そこでわれわれは,プ さらに,複数のデータセットを組合わせた統合解析が ログラミング知識不要で再現性のあるデータ解析が可 できるようにアプリデザインを工夫した.具体的には, 能となるウェブツールの構築を目的に,RNAseqChef 2) RNAseqChef では,解析結果としてアウトプットされ を新たに開発した.RNAseqChef は,RNA-seq により る表データはそのまま再アップロード・再解析が可能 得られたカウントデータを自動的に解析・可視化する な形式となっている(図 1).これにより,従来のウェ ツールであり,単一のデータセットの解析のみならず, ブツールでは対応できない複雑な解析が可能となる. 複数のデータセットの統合解析が直感的な操作のみで RNAseqChef: a web tool for automated and systematic analysis of differentially expressed genes Kan Etoh/Mitsuyoshi Nakao:Department of Medical Cell Biology, Institute of Molecular Embryology and Genetics, Kumamoto University(熊本大学発生医学研究所細胞医学分野) 実験医学 Vol. 41 No. 14(9 月号)2023 2307
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