ゲノム中には短い縦列反復配列が存在することが知られ,これらの中で1 bp~13 bp程度の最も短い反復配列をマイクロサテライト配列とよぶ.このマイクロサテライト配列はSNPよりも高度な多型性を示し,ゲノム中に約3%含まれ,比較的偏りなく散在する.