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位置情報をもつトランスクリプトーム解析を用いた研究の新展開

東京都立大学理学研究科生命科学専攻　野澤昌文

実験医学2020年5月号

細胞や組織内のRNAの網羅的な挙動を調べるRNAシークエンシング（RNA-sequencing，RNA-seq）（Nagalakshmi U, et al：Science, 320：1344-1349, 2008）とよばれる手法が開発されてから早10年以上が経った．この間，もともとの方法である各mRNAの発現量を網羅的に調べるものから，miRNAなどのsmall RNAを網羅的にシークエンスするsmall RNA-seq，目的のタンパク質と相互作用するRNAを網羅的にシークエンスするCLIP-seq（Zhang C & Darnell RB：Nat Biotechnol, 29：607-614, 2011），単一細胞に由来するRNAを網羅的にシークエンスするsingle cell RNA-seq（Tang F, et al：Nat Methods, 6：377-382, 2009）など，多様な手法が次々に開発されてきた．

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