オミクスデータを探す！使いこなす！公共データベース厳選53

序 【粕川雄也】

第1章　総論 公共データベース

1. オミクス研究と公共データベース 【粕川雄也】

2. 生命科学データベースの統合化 【片山俊明】

3. 公共データベースと個人情報の保護 【川嶋実苗】

4. データが拓く知能の地平：AIを活用する現在地 【山本泰智】

第2章　オミクス研究のための公共データベース

リポジトリ型

1. INSDC（BioProject / Biosample / SRA / GEA / JGA）―日米欧が連携する国際塩基配列データベース共同体 【児玉悠一】

2. NBDCヒトデータベース/JGA―個人由来の解析データ利活用と個人情報の保護の良き塩梅をめざすリポジトリ 【川嶋実苗】

3. MassBank―低分子化合物マススペクトルデータベース 【松田史生，奥田修二郎，津川裕司，平山明由，和泉自泰】

4. SSBD―画像データを共有・再利用し，知識発見と解析技術の進展を支える基盤 【京田耕司，大浪修一】

ゲノムデータ

5. UCSCゲノムブラウザ・データベース―ゲノム配列と多様なアノテーションを閲覧・探求するためのWebツール 【川路英哉】

6. TogoVar―日本人ゲノム多様性統合データベース 【三橋信孝】

7. UKバイオバンク―世界最大級のヒトデジタルツインコホート 【伊藤　薫】

8. PheWeb―ゲノムワイド関連解析（GWAS）結果を横断的に検索・可視化するプラットフォーム 【金井仁弘，岡田随象】

9. brainSCOPE―388人のヒト背外側前頭前野の一細胞オミクスのデータベース 【廣瀬直毅，高田　篤】

10. gnomAD/ClinVar―バリアントの大規模コホートにおける頻度や臨床的意義を調べる 【尾崎　心】

11. GWAS Catalog―最大規模のGWASレジストリを使いこなす 【髙橋　悠，波多野裕明，石垣和慶】

12. DECIPHER―ヒトゲノムのvariationと表現型の関連を確認するために使われるデータベース 【山本俊至】

13. MoG^＋（モグプラス）―マウスゲノム多型を可視化して高付加価値な情報を提供するデータベース 【高田豊行，桝屋啓志】

トランスクリプトームデータ

14. SSCV DB―大規模公共トランスクリプトームシークエンスの解析によるスプライスサイト生成変異レポジトリの自律的構築 【白石友一，岡田　愛】

15. GTEx―ヒト組織横断的な遺伝子発現制御の包括的アトラスを提供する基盤データベース 【小野浩雅】

16. Human Cell Atlas―ヒト細胞アトラスの構築 【安藤吉成，カルニンチ ピエロ】

17. ImmuNexUT―自己免疫疾患患者の免疫担当細胞の遺伝子発現量・eQTLデータベース 【板宮孝紘，藤尾圭志】

18. refTSS4―疾患研究に使える転写開始点リファレンスを使ったエンリッチメント解析 【森岡勝樹】

19. FANTOM―FANTOMの成果を集約した統合データベース 【池内香菜子，粕川雄也】

20. D3G，GGGenome―核酸医薬開発のためのデータベースおよび塩基配列検索ツール 【川路英哉，内藤雄樹】

エピゲノム/転写制御データ

21. ChIP-Atlas―多層的エピゲノム情報の解析基盤 【鄒　兆南，沖　真弥】

22. ENCODE SCREEN―ヒトおよびマウスにおけるシス調節領域の探索 【山口涼香，粕川雄也】

23. fanta.bio―ヒト，マウスのシスエレメントに関するデータベース 【早川　圭，粕川雄也】

プロテオーム

24. Human Protein Atlas―ヒトタンパク質の発現に関する総合ポータルサイト 【深沢嘉紀，富井健太郎】

25. 蛋白質構造データバンク（Protein Data Bank：PDB）―実験で決定したタンパク質の構造情報を収蔵する世界で唯一のアーカイブ 【栗栖源嗣】

26. UniProt―世界最大のタンパク質知識基盤 【川島秀一】

27. InterPro―多種のデータベースを利用してタンパク質の機能を統合的に予測する 【栂　浩平，坊農秀雅】

28. STRING―タンパク質間相互作用を調べるWebリソース 【上坂一馬】

29. jPOST―プロテオームデータのリポジトリ／統合データベース 【河野　信】

30. IDEAL―注釈付けされた天然変性タンパク質のデータベース 【安保勲人，福地佐斗志，太田元規】

メタボローム/リピドーム/糖鎖

31. Human Metabolome Database（HMDB）―ヒトにかかわる化合物の網羅的な情報源 【有田正規】

32. LIPID MAPS―リピドミクス研究におけるスタンダードな情報リソース 【倉田明咲，津川裕司】

33. GlyCosmos Portal―糖鎖科学のデータを網羅したポータルサイト 【木下聖子】

パスウェイ/代謝

33. WikiPathways―共同編集型パスウェイデータベース 【野津　了，坊農秀雅】

空間オミクス

35. DeepSpaceDB―空間トランスクリプトーム公開データの直感的かつ高速な探索 【Vandenbon Alexis，竹本経緯子】

マイクロバイオーム

36. Microbiome Datahub―メタゲノム由来の原核生物のゲノム（MAG）を扱ったデータベース 【森　宙史】

37. SILVA―リボソームRNA遺伝子の塩基配列のデータベース 【城間博紹，山田拓司】

38. Enteropathway―ヒト腸内細菌叢の代謝経路データベース 【城間博紹，山田拓司】

マルチオミクス

39. 統合データベースdbTMM―東北メディカル・メガバンク計画の15万人の健康調査情報・ゲノム情報の統合データベース 【水野聖士，荻島創一】

40. ENCODE―ヒトとマウスの全ゲノム機能領域を検索・取得・可視化 【斯　琴，髙橋葉月】

そのほか

41. OMIM―ヒト遺伝子と遺伝性疾患のカタログ 【仲里猛留】

42. DDrare―難病の臨床試験における開発薬と標的遺伝子・パスウェイ情報 【坂手龍一】

43. PubCaseFinder―希少・遺伝性疾患における疾患検索・症例管理・遺伝子パネル構築を支援 【藤原豊史】

索引