実験デザインからわかるCRISPRスクリーニング実践テキスト

序

概　論　CRISPRが一新した現代の遺伝子同定【遊佐宏介】

第1章 基本フローと各フローにおける検討ポイント

1. CRISPRスクリーニングで最も重要な「数」を理解する【遊佐宏介，樽本雄介】

2. ゲノム編集手法～種類と選び方【佐久間哲史，永友大暉】

3. Cas9 発現マテリアルの準備【樽本雄介，遊佐宏介】

4. gRNAライブラリ：既製品と自作【樽本雄介，遊佐宏介】

5. 変異細胞ライブラリの作製【遊佐宏介，樽本雄介】

6. 表現型アッセイ【遊佐宏介，樽本雄介】

7. NGSサンプル調製とシークエンス【遊佐宏介，樽本雄介】

8. 統計解析によるヒット遺伝子の同定【石川雅人】

第2章 実践 基本プロトコール

1. レンチウイルスの基本操作―ウイルス作製と細胞への感染【遊佐宏介】

2. Cas9レポーターアッセイ【遊佐宏介】

3. gRNAライブラリの複製【遊佐宏介】

4. フォーカスライブラリ自作と既存ライブラリ載せ替え【遊佐宏介】

5. 変異細胞ライブラリの作製とFitnessスクリーニング【遊佐宏介】

6. 選択圧によるスクリーニング【遊佐宏介】

7. ソーターを使ったスクリーニング【遊佐宏介】

8. NGSライブラリ作製【遊佐宏介】

9. MAGeCKを用いたgRNAカウントデータの解析【樽本雄介，遊佐宏介】

第3章 実践 応⽤プロトコール

1. 抗がん剤耐性・感受性因子の探索【仙波雄一郎，前田高宏】

2. ウイルスの増殖にかかわる宿主遺伝子の探索【牧野晶子】

3. がん免疫療法抵抗性にかかわる遺伝子の探索【伊藤能永】

4. ATAC-seeによるクロマチン・アクセシビリティ制御因子の探索【宮成悠介】

5. O-ClickFCを用いた脂質表現型スクリーニング【土谷正樹，浜地　格】

6. in vivoスクリーニングによる腫瘍免疫抑制因子の探索【乾　緋彩，合山　進】

7. 精子機能を標的とするin vivo sgRNAライブラリスクリーニングの方法論【野口勇貴，鈴木　淳】

第4章 発展的な活⽤事例

1. スキャニングとしての利用：タンパク質機能ドメインの解析【星居孝之】

2. 遺伝子間の機能的相互作用を狙ったCRISPRスクリーニング【吉永正憲，竹内　理】

3. アレイ型CRISPRスクリーニング【福田康二】

4. DepMapデータを用いたがん治療標的因子の探索【渋江　司】

5. シングルセル解析とCRISPRスクリーニングの融合【樽本雄介，遊佐宏介】

索引