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タンパク質立体構造予測―AlphaFoldの衝撃

学振PD/東北大学大学院情報科学研究科　中村　司

実験医学2019年7月号

タンパク質の立体構造の情報はタンパク質の機能を理解するうえで重要である．しかし，タンパク質を構成するアミノ酸配列しかわかっていないタンパク質の数は，立体構造がわかっているタンパク質の数よりも圧倒的に多い．そのため，立体構造の予測技術の開発は重要な研究課題の一つである．

立体構造予測技術の客観的な評価を目的として，世界的規模で行われる立体構造予測のダブルブラインドテストであるCASP（community wide experiment on the Critical Assessment of techniques for protein Structure Prediction）が，1994年より2年に1度開催されている．2018年には13回目となるCASP13が行われた．CASPでは，近々実験的に構造が決定される予定のタンパク質のアミノ酸配列情報を，実験を行っているチームからもらい，この配列情報を問題として公開する．参加チームはこの問題に対して予測構造を解答として提出する．CASP13では90問出題され，207のチームが参加した．CASP13では，さまざまある部門のなかの一つ，Topology部門（構造が新規のトポロジーの場合でも予測することを志向している部門）において，DeepMind社のAlphaFoldが2位以下に大きく差をつけ1位となった．手法の詳細は論文の出版が待たれるところであるが，2018年12月の会議において概要は公開されたので紹介する．

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