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【スマホで読める実験医学】常在ウイルスゲノム解析の最前線
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常在ウイルスゲノム解析の最前線
Advances in the phage genome analysis
Noriaki Sato/Yao-zhong Zhang/Seiya Imoto：東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター健康医療インテリジェンス分野
10.18958/7801-00001-0006134-00
ショットガンメタゲノム解析により培養困難なファージ配列が大量に発見され，バイオインフォマティクスによるファージの識別・分類・宿主推定手法も急速に高度化している．本稿では参照配列依存法と配列特徴依存法の原理と代表的なツールや解析ワークフローを概説し，Transformerを基盤としたクラス不均衡対応モデルやコントラスト学習によるファージ-宿主相互作用予測など，AI・深層学習を駆使した最新アルゴリズムの動向を俯瞰する．
ファージ，プロファージ，バイオインフォマティクス，ファージ検出アルゴリズム，ファージ-宿主相互作用予測
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