実験医学増刊:今日から使える!データベース・ウェブツール 達人になるための実践ガイド100
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実験医学増刊 Vol.32 No.20

今日から使える!データベース・ウェブツール 達人になるための実践ガイド100

  • 内藤雄樹/編
  • 定価 5,400円+税
  • 2014年12月発行
  • B5判
  • 248ページ
  • ISBN 978-4-7581-0343-5
  • 販売状況: 注文可能
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多くの研究者にとって,必要な情報を的確に,そして効率的に引き出すことは重要です.本書では,100以上の汎用的に役立つツールをユーザー視点の簡潔な記事で紹介します.この1冊で今日からあなたも達人に!

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目次

第Ⅰ部 生命科学データベース,プロジェクトの動向

1. ビッグデータ時代における統合データベースプロジェクトの意義,現状,課題【高木利久】
2. DDBJ【中村保一】
3. 生命科学データベース統合の基盤技術【片山俊明】
4. FANTOM5 ―ヒト・マウスの広範な細胞を対象とした転写開始活性の網羅的・定量的プロファイル【粕川雄也/川路英哉】
5. NGSデータ解析【岩崎 渉/尾崎 遼】
6. ウェットな研究にデータベースやウェブツールを役立てるための秘訣【坊農秀雅】

第Ⅱ部 今日から使えるデータベース・ウェブツール

第1章 データベースを探す/情報を探す

1. 統合TV 生命科学分野のデータベース・ウェブツールの使い方を動画で紹介【小野浩雅】
2. Google検索のテクニック 研究に役立つTips【伊藤真和吏】
3. Integbioデータベースカタログ 国内外の生命科学系データベースを一覧から探す【坂東明日佳】
4. J-GLOBAL さまざまな科学技術情報のつながりをたどって一括情報収集【木村考宏】
5. 生命科学データベース横断検索 450以上のデータベースの“中身”を一括検索【大波純一】
6. Sagace 創薬・疾患研究のためのデータベース横断検索サービス【伊藤真和吏/水口賢司】

第2章 ゲノム/遺伝子/塩基配列を調べる

【ゲノムブラウザ/ゲノム関連データベース】
1. UCSCゲノムブラウザ ウェブサービスとデータベース【三嶋博之】
2. Ensembl ゲノムブラウザ,アノテーションのデータベース【坊農秀雅】
3. TogoGenome セマンティック・ウェブによるゲノムデータベース【片山俊明/川島秀一】
4. GOLD さまざまな生物種のゲノム配列解読情報を集めたデータベース【天竺桂弘子】
5. BioProject 「プロジェクト」からデータを探す【児玉悠一】
6. PGDBj 植物ゲノム関連データベースの統合【平川英樹/市原寿子/浅水恵理香/中谷明弘/中村保一/田畑哲之】
7. MicrobeDB.jp ゲノム・メタゲノム情報を核とした微生物の統合データベース【森 宙史/黒川 顕】
【遺伝子のデータベース】
8. GGRNA キーワードや配列から遺伝子をGoogleのように検索【内藤雄樹】
9. BioGPS 遺伝子発現プロファイルのデータベース【沖 嘉尚】
10. Gene Wiki Wikipediaによる遺伝子百科事典【水野洋介】
【非コードRNAのデータベース】
11. Rfam 非コードRNAファミリーのデータベース【水野洋介】
12. miRBase マイクロRNAのデータベース【高橋朋子/程久美子】
13. マイクロRNAの標的予測ウェブサイト【高橋朋子/程久美子】
14. ncRNA.org 機能性RNAの解析ツールやデータベースを集めたポータルサイト【光山統泰】
15. mfold,CentroidFold RNAの二次構造予測ツール【光山統泰】
【配列解析のツール】
16. NCBI BLAST 塩基配列またはアミノ酸配列の類似性検索とアライメント【藤澤貴智】
17. BLAT リファレンスゲノムに対する高速な配列類似性検索ツール【神田将和】
18. GGGenome 高速な塩基配列の検索ツール【内藤雄樹】
19. Clustalシリーズ 塩基配列,アミノ酸配列のマルチプルアラインメントプログラム【小笠原理】
20. MAFFTウェブサービス アミノ酸または塩基配列のマルチプルアラインメント【加藤和貴】
21. Jalview 多重配列アラインメントのビューワ/エディタ【坊農秀雅】
22. Primer3 幅広いニーズに対応するPCRプライマー設計の定番ツール【仲地ゆたか】
23. siDirect RNAiに用いるsiRNAの設計ツール【内藤雄樹】
24. CRISPRdirect CRISPR/Cas9ゲノム編集法のガイドRNA設計ツール【日野公洋/内藤雄樹/坊農秀雅/程久美子】
25. WABI DDBJのデータベース・解析サービスのWeb API【小笠原理】
26. Codon Usage Database 生物種ごとあるいは遺伝子群のコドン使用頻度を検索/集計【中村保一】
27. NCBI Taxonomy,One Codex 生物種と分類のデータベース,塩基配列から生物種を推定するツール【藤澤貴智】

第3章 タンパク質を調べる

1. UniProt アミノ酸配列と機能情報の基本データベース【川島秀一】
2. InterPro タンパク質配列解析と分類のためのデータベース【坊農秀雅】
3. PDBj タンパク質・核酸などの立体構造データベース【金城 玲】
4. STRING タンパク質間相互作用データベース【荒木啓充】
5. BioGRID タンパク質間・遺伝子間相互作用のデータベース【田中芳幸/粕川雄也】
6. Reactome ヒトを中心としたパスウェイデータベース【河野 信】
7. BRENDA 酵素反応データベース【河野 信】

第4章 遺伝子発現の解析

1. GEO, ArrayExpress 公共遺伝子発現データベース【坊農秀雅】
2. RefEx ヒト,マウス,ラットの遺伝子発現情報リファレンスデータセット【小野浩雅】
3. The Human Protein Atlas ヒトのタンパク質発現情報データベース【小野浩雅】
4. Gene Ontology 遺伝子の機能,局在,細胞内での役割を記述するための標準用語【大宮寛子/粕川雄也】
5. OMIM, Gendoo ヒト疾患および疾患関連遺伝子の解説と特徴プロファイル【仲里猛留】
6. DAVID,PANTHER 実験で得られた遺伝子群の特徴を可視化【沖 嘉尚】
7. GeneSetDB 遺伝子セット解析用データベース,遺伝子セット検索・解析ツール【荒木啓充】

第5章 化合物を調べる

1. ChEMBL 医薬品および開発化合物のデータベース【大川和史】
2. PubChem 低分子化合物の生物学的活性データベース【大川和史】
3. Open TG-GATEs 薬剤を暴露した際の遺伝子発現情報と毒性情報のデータベース【五十嵐芳暢】

第6章 バイオリソースを調べる

1. NBRPデータベース バイオリソース(実験生物材料)のデータベース【山崎由紀子】
2. 細胞バンクのデータベース ATCC, ECACC, DSMZ, JCRB細胞バンク,理研BRC細胞バンク【山崎由紀子】

第7章 NGS解析に役立つデータベース・ウェブツール

1. SEQanswers, BioStar, NGS Surfer's Wiki NGSのQ&Aサイトと情報源【神田将和】
2. DBCLS SRA SRAに公開された新型シーケンサの一次配列データを検索する【大田達郎/仲里猛留】
3. DDBJ Read Annotation Pipeline クラウド型NGS解析パイプライン【長崎英樹】
4. Galaxy ゲノム解析プラットフォーム【長崎英樹】
5. さまざまなヒトバリエーションデータベース NGSデータ処理のための活用法【三嶋博之】
6. がんゲノムデータベース 個別化医療にむけたオミクスデータの収集と解析【山中遼太】

第8章 文献を調べる/整理する

1. PubMed,PMC 生命科学系文献検索の王道【仲里猛留】
2. Google Scholar 学術論文を「ググる」【仲里猛留】
3. CiNii 日本の学術論文の検索・閲覧&大学図書館の図書の検索【岡部晋典】
4. Mendeley,EndNote Web 文献管理ツール.効率的に文献を分類・共有・レファレンス作成【森田純子/糟谷 豪】
5. 「新着論文レビュー」と「領域融合レビュー」 Webにて無料で読めるわかりやすく信頼できる日本語のレビュー【飯田啓介】

第9章 研究を効率化するウェブツール/情報源

1. ライフサイエンス辞書 欧米人が書いた論文抄録1億語からつくられた20万語シソーラス【金子周司】
2. Allie 生命科学分野の略語を検索【山本泰智】
3. inMeXes 生命科学分野の英語表現を高速,軽快に検索【山本泰智】
4. Googleドライブを活用した共同論文執筆 原稿をオンラインで共有・編集し,論文執筆のクラウド化を実現【糟谷 豪】
5. difff《デュフフ》 テキスト比較ツール【内藤雄樹】
6. Wolfram Alpha 高機能オンライン関数電卓【杉浦 悠】
7. Cytoscape ネットワーク解析および可視化ツール【櫛田達矢】
8. OpenRefine データセットのクレンジング,解析,変換ツール【鐘ケ江弘美/藤澤貴智】
9. BioMart 遺伝子に関するさまざまな情報を自在に取得・加工できる多機能ツール【仲地ゆたか】
10. TogoTable 手持ちのIDリストにさまざまな情報を自動取得して付加するツール【河野 信】
11. TogoWS シンプルなURLで公共DBのエントリを自在に取得【片山俊明】
12. TogoDB 研究データを簡単に高機能データベース化【片山俊明】
13. Togo Picture Gallery ポスターやスライドで使える生命科学分野のイラスト集【比留川治子】
14. Slideshare 研究発表や講義の資料を共有し,情報共有の効率を高める【大田達郎】
15. 研究者の情報を調べる 研究成果, 研究資金, 本人が発信する情報から【内藤雄樹】
16. JREC-IN Portal and Beyond 研究キャリア形成に有用なウェブツール【広海 健】
17. UMIN FIND UMIN研究助成等データベース【木内貴弘/石川ひろの】
18. UMIN学会情報 日本国内の医学系学術団体および学術集会のサブタイトル【木内貴弘/石川ひろの】

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