ゲノムDNAの塩基配列上核酸の変異により個人間で1塩基が異なる現象をいう.核酸変異のうち約2/3はプリンまたはピリミジン塩基間どうしの変異(例えばシトシンからチミジンへの転換)で,残りの1/3はピリミジンとプリン塩基間の変異に起因する.このような個人間の遺伝的バリエーションは種々の病気の原因遺伝子や危険遺伝子などになりうる.
平均300塩基に1カ所存在し,全ゲノム中において約1,000万カ所存在する.