両親からそれぞれ一本ずつ同じ染色体を受け継ぎ,1対の相同染色体が生成される.そのどちらか一方の染色体(ハプロイド)に存在するアレルの組み合わせをハプロタイプとよぶ.PCRを用いた多型解析においては,通常相同染色体を同時に増幅させるため,このハプロタイプはわからないが,現在では種々のアルゴリズムを用いて推定している.