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Microbiome統計解析法の決定版MiRKAT現る

フレッドハッチンソンがん研究センター／愛知医科大学医学部公衆衛生学　西山　毅

実験医学2016年6月号

近年，次世代シークエンサーの出現により，体内に存在する細菌叢全体（microbiome）を丸ごとシークエンスし，例えば16Sリボソーム遺伝子のような特定の塩基配列の違いにより分類される各菌種（正確にはoperational taxonomic units：OTU）の割合についての知見が急増している．被験者ごとに異なる各菌種のカウント数（もしくは割合）の分布が，例えば，被験者の糞便内プロテアーゼ量のようなアウトカムと関連するか否かを判定するには，従来はPERMANOVAのような距離に基づく統計手法が用いられてきた（ここでいう距離とは，被験者間の各菌種のカウント数分布の「似ていなさ」を指す）．

これらの手法は，

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