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トピックス

Microbiome統計解析法の決定版MiRKAT現る

フレッドハッチンソンがん研究センター/愛知医科大学医学部公衆衛生学 西山 毅

年,次世代シークエンサーの出現により,体内に存在する細菌叢全体(microbiome)を丸ごとシークエンスし,例えば16Sリボソーム遺伝子のような特定の塩基配列の違いにより分類される各菌種(正確にはoperational taxonomic units:OTU)の割合についての知見が急増している.被験者ごとに異なる各菌種のカウント数(もしくは割合)の分布が,例えば,被験者の糞便内プロテアーゼ量のようなアウトカムと関連するか否かを判定するには,従来はPERMANOVAのような距離に基づく統計手法が用いられてきた(ここでいう距離とは,被験者間の各菌種のカウント数分布の「似ていなさ」を指す).

これらの手法は,

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2016年6月号掲載

本記事の掲載号

実験医学 2016年6月号 Vol.34 No.9
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吉岡祐亮,落谷孝広/企画

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