この記事は有料記事です
（残り約8,000文字）
-
【スマホで読める実験医学】ShortCake:環境構築なしではじめるシングルセル解析
550円
550円
ShortCake:環境構築なしではじめるシングルセル解析
ShortCake: Getting started with single-cell analysis without setup
Eiko Saijou/Yuya Nagaoka/Ryuichiro Nakato：Laboratory of Computational Genomics, Institute for Quantitative Biosciences, The University of Tokyo（東京大学定量生命科学研究所大規模生命情報解析研究分野）
10.18958/7971-00005-0006413-00
何ができるようになった？
シングルセル情報解析プラットフォーム「ShortCake」を利用することで，R・Pythonの環境構築や解析ツール間の依存関係解消などに費やす労力を最小限に抑え，ユーザー間で再現性の高いシングルセル情報解析が実現できるようになった．ShortCake1つで遺伝子発現量（scRNA-seq），オープンクロマチン（scATAC-seq），空間トランスクリプトーム解析が実行可能な環境を提供する．
必要な機器・試薬・テクニックは？
インターネットに接続できるPC．下記のOSに該当し，DockerまたはApptainer（詳しくは後述）が利用できる環境であれば誰でも無料で使用できる．対応OS：Linux（Ubuntuなど），Windows（WSL2で利用可能），MacOS（Intel Macのみ対応．Apple Silicon Macは非対応）．ただし，解析の自動化ツールではないため，Dockerおよびシングルセル解析に関する最低限の知識は必要となる．
関連コンテンツ
