238個のアミノ酸からなるGFPは,11回くり返されるβシートが環状に折り畳まれた空カンのような立体構造からなる.発色団はそのカンの内部で形成される.多くのGFP様蛍光タンパク質も,基本的にこのβカン構造を有している.